全自動細胞計數儀的計數方法：
 

　　(1)臺盼藍染色法
 

　　臺盼藍染色是分別計數死亡細胞和活細胞的方法之一。染色的原理是臺盼藍無法穿透活細胞的完整細胞膜，因此活細胞不被染色；然而，死亡細胞的細胞膜被破壞，染料通過細胞膜在細胞中富集，使細胞變藍。然而，臺盼藍染色可能無法準確區分有核細胞和細胞碎片，因此它傾向于低估細胞總數并高估細胞生存能力。
 

　　(2)熒光細胞計數法
 

　　吖啶橙/碘化丙啶(AO/PI)染色原理：活細胞通過AO染色發出綠色熒光，而死細胞通過PI染色發出紅色熒光。重要的是，對于具有復雜背景的細胞，例如外周血單核細胞，具有更多細胞片段或簇的細胞數量可以避免檢測到細胞片段。這種方法最近也被應用于單細胞基因組學，其中綠色對應于完整的細胞，紅色對應于成功分離的細胞核。該策略允許研究人員計算未裂解的剩余細胞在細胞總數中的百分比，并計數細胞核以指示樣品質量，幫助研究人員確定是否繼續單細胞基因組學過程。
 

　　全自動細胞計數儀在單細胞測序中的應用如下：
 

　　單細胞基因組學技術目前正在全面應用，如單細胞RNA測序(scRNA-seq)和染色質轉座酶可及性測序(ATAC-seq)。與對大量細胞進行測序的傳統方法相比，單細胞基因組學技術突出了細胞之間的差異，這有助于更深入地了解樣本材料。例如，scRNA-seq可以比較健康和患病狀態的轉錄譜，而ATAC-seq可以解釋染色質的可及性及其對基因表達的影響。
 

　　然而，這些研究都需要對分離的細胞核進行精確計數，因為文庫制備需要少量未裂解的細胞，并且樣品中沒有細胞團塊和碎片。此外，許多單細胞基因組學技術需要完整的細胞核才能正常工作。